天然饮用矿泉水源除了从裂隙中涌泉流出而外，有的还深藏底下，被岩石隔水层封住，需要打井揭露。这种矿泉水水体因为与地表阻隔，，微生物指标一般都非常好，绝大多数都为零细菌；同时地下天然矿泉水水龄相对较长、受污染几率小，水质特别是离子组份较为稳定。
    对用取水井开采天然饮用矿泉水而言，一个合格的井不仅是水产品品质的第一道保障，而且关乎天然矿泉水体品质资源保护、使水体免受人为污染。
    然而我国许多有地下矿泉水资源的地区，政府对其资源的脆弱性认识不足，企业出于无知或节省成本的目的，私采滥开情况严重，取水井设备简陋，很多井根本没有密闭、卫生、清洁概念，有的地表水直接串入地下水体，有的井管材料不合格直接污染地下矿泉水源••••••。水井的良好设备和严格的管理意义重大。
    对政府而言，当务之急是需要切实加强开采和水源保护工作，如果一个地区矿泉水水源都需要打井获取，政府可以从井管理入手，建立符合水源保护及卫生要求井的规范，杜绝不合格的井污染和危害矿泉水体资源。
    开新井：建立钻井获取矿泉水审批制度，对不符合水源保护及卫生要求、不符合规模等要求的坚决不予批准。
    老井分批改造：按水源保护和卫生要求期限整改，对无法改造且对矿泉水体有品质危害的老井，要坚决封堵。
    分阶段落实水源3级保护措施，2级保护须限期满足。
    监控水井流量和水源水质，科学而严格的核定开采量（先可按投资规模），考核企业水资源利用率，建立水质预警机制。
    完善矿泉水源开采和利用的动态定期审查制度。
    对企业而言，保护不可多得的区域矿泉水资源是企业的长远利益；从源头控制微生物，让无菌的地下矿泉水在生产过程中不增加微生物危害或负担，不仅是企业在产品端少用臭氧灭菌的有效手段，还是企业提高产品品质和质量稳定性的生存之本。
    改善取水井周边环境，至少要实施水井的2级防护。
    彻底改造井设施，使取水井符合与地表隔绝、本身密闭、井管等材料不对矿泉水体污染原则。
    所有井的设施（涉水器械盒表计）卫生的原则，并在水体和井设施发生微生物污染情况下可实现彻底的恢复。
    保证井后输送、储存和水处理不二次污染原水水源。
    全面贯彻产品过程合格的管理控制规范。
    钻井、井管井泵和井头安装和启动过程中的所有设备需要严格而准确的规则，细菌污染（如假单胞杆菌）时刻威胁着在这些操作过程中，一个怎样的井取水系统才能持续保证井的安全稳定运行和卫生指标？总的来说就是要具备下列基本原则和要求：
    1、 密闭原则
    保证钻井和井管切合，不让地表水通过井管外渗入隔水层。
    井口密闭，包括对大气呼吸都需要过滤阻挡。